Hola Marcelo.Andres!!
Muchas gracias por utilizar los foros de National Instruments!! Como bien dices, la forma en que lo realizas actualmente funciona, pero puede no ser la mas óptima para que tu aplicación cumpla con las mejores técnicas de programación para LabVIEW. Los canales del módulo NI 9219 son leídos en cada punto donde utilizas las variables compartidas que se encuentran ligadas a las entradas del mismo (CH0, CH1 y CH3). De esta forma, cuando se ejecuta el caso ''False'', los valores disponibles en las entradas del módulo no son leídos en tu aplicación de LabVIEW. Esto no significa que le módulo deje de adquirir datos, simplemente los datos adquiridos no estan siendo leídos por LabVIEW. Para aclarar un poco mas este punto, te invito a que revises la siguiente guía para comenzar a trabajar con la plataforma compactRIO y LabVIEW.
Getting Started with CompactRIO and LabVIEW
Espero que te sirva!!
Saludos!!