Estimado tesla333,
considerando que la PCI-6221 tiene un sample rate de 250KS/s, cada muestra se adquisirá cada 4us, con lo cual si requieres samplear 1000 muestras, éstas se tomarán cada 4 ms. SI requieres tomar muestras a este rate cada 2ms, tendrías que disminuir la cantidad de muestras a 500. En teoría, el adquirir continuamente muestras, quiere decir que va a adquirir "paquetes" de la señal muestreada. Cada "paquete" tiene una duración de <samples>/<rate> de segundos de duración.
Espero poder hacercarme un poco más a lo que necesitas.
Saludos !